نفى وزير النقل والقيادي في المجلس الأعلى باقر الزبيدي، الأحد، الأنباء المتداولة بشان تبعية شركة "فلاي بغداد" للمجلس، وفيما اعتبر أن الخسائر التي تعرضت لها الخطوط الجوية العراقية "معنوية أكثر من كونها مادية"، أكد ضرورة التوجه إلى الاستثمار والابتعاد عن "محاربة المستثمرين". وقال الزبيدي في لقاء مع عدد من القنوات الفضائية وتابعته وكالة نون الخبرية، إن "اللجنة التي تم تشكيلها لمحاسبة المقصرين بشان الإنذارات التي وجهت للخطوط الجوية العراقية، أجرت تحقيقا مع سلطة الطيران وتم بعد إلحاق الوثيقة التي جاءتنا بشأن الإنذارات كونها وصلت متأخرة"، مشيرا إلى أن "إخفاء وثيقة تفيد بوجود خلل وإنذار من قبل أحد الموظفين أمر من شانه ترك أثر سلبي". وأضاف الزبيدي أن "ملف التحقيق المكون من نحو 400 صفحة اكتمل تقريبا من قبل نائب المفتش العام ومدير عام الدائرة القانونية وأحد المتخصصين في الخطوط الجوية"، لافتا إلى أن "الخسائر التي حصلت في الخطوط معنوية أكثر من كونها مادية". وفي سياق متصل، نفى الزبيدي تبعية شركة "فلاي بغداد" للطيران إلى المجلس الأعلى، مؤكدا أن "الشركة تابعة لرجال أعمال معروفين". وأشار وزير النقل إلى أن "محاربة المستثمر يعني تدمير البلد، وأن الوزير الذي لن ينتهج منهج الاستثمار وسياسة اقتصاد السوق سيفشل"، مؤكدا أنه "لا يوجد أمامنا سوى الذهاب باتجاه الاستثمار والتشغيل المشترك". وكان المدير العام لشركة "فلاي بغداد" للطيران عبد الله الجبوري نفى في (5 تشرين الثاني 2015)، أن يكون للشركة أي ارتباط بالمجلس الأعلى الإسلامي أو وزير النقل باقر الزبيدي، فيما انتقد "الروتين" في الخطوط الجوية العراقية. وأكدت الخطوط الجوية العراقية في (12 كانون الأول 2015)، أن الاتحاد الأوربي لم يمنع شركة الخطوط الجوية من التحليق فوق أجواء أوربا، وفيما بينت أن لجنة الـTCO بالاياسا كانت قد علقت الرحلات بطائرات الشركة بصورة مؤقتة، أشارت إلى أن قرار التعليق لن يمنعها من الاستمرار بتقديم الخدمة للمسافرين عبر استئجار طائرات أخرى.